SARS-CoV-2 Virüs (Koronavirüs) Varyantları Hakkında Ne Biliyoruz?

Covid-19 Varyantları Nasıl Ortaya Çıkar?

Virüsler mutasyon yoluyla sürekli değişir ve bir virüsün yeni varyantlarının ortaya çıkması beklenir. Bazen yeni varyantlar ortaya çıkar ve kaybolur. Diğer zamanlarda, yeni varyantlar devam eder. SARS-CoV-2 virüsünde, diğer RNA virüslerine kıyasla daha az olmakla birlikte, mutasyonlar gelişmektedir. Mutasyonlar, hastadan elde edilen SARS-CoV-2 virüsü genetik dizisinin, tanımlanan izolat olan Wuhan referans dizisi (Hu-1) ile karşılaştırılması ile belirlenmektedir. Mutasyonları içeren virüsler varyant virüs olarak tanımlanır. COVID-19'a neden olan virüsün birden fazla varyantı, bu pandemi sırasında küresel olarak belgelenmiştir.

Ağacın büyüyüp dallanması gibi bir virüsü düşünürseniz; ağaçtaki her dal diğerlerinden biraz farklıdır. Bilim adamları dalları karşılaştırarak onları farklılıklara göre etiketleyebilirler. Bu küçük farklılıklar veya varyantlar, pandeminin başlangıcından beri araştırılmış ve tanımlanmıştır.

Bazı varyasyonlar, virüsün daha kolay yayılmasını veya tedavilere veya aşılara karşı dirençli olmasını sağlar. Bu varyantlar daha dikkatli izlenmelidir.

Covid-19 Varyantları Nasıl Adlandırılır? Koronavirüs Varyantlarından Hangileri Mevcuttur?

Varyant virüsların isimlendirilmesinde ve sınıflanmasında farklı gruplarca değişik sistemler kullanılmaktadır. Varyantların ilk saptandığı ülkenin adının kullanımı, suşlar farklı coğrafi bölgelere yayılmakta olduğu ve damgalamaya yol açabileceği için önerilmemektedir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), son olarak varyantların Yunan alfabesindeki harflerle adlandırılmasını önermiştir. DSÖ ayrıca varyantları, dikkate alınması gereken varyantlar (“Variant of Interest”; VOI) ve endişe uyandıran varyantlar (“Variant of Concern”; VOC) olarak iki grupta sınıflandırmaktadır. Buna göre “alpha” (B.1.1.7, İngiltere), “beta” (B.1.351, Güney Afrika), “gamma” (B.1.1.28.1, Brezilya) ve “delta” (B1.617.2, Hindistan) varyantları endişe uyandıran varyantlardır (VOC). Dördü de ülkemizde bulunmakta olup alfa, halen toplumdaki en yaygın (≥%75) varyanttır.

Bu varyantlar, virüsün S proteininde karakteristik mutasyonlar taşımakta, bulaşma hızı, hastalık ciddiyeti ve immün yanıttan kaçmada olumsuz etkilere neden olmaktadırlar.

Covid-19 Delta Varyantı Hakkında Ne Biliyoruz?

3 Haziran 2021'de İngiltere Halk Sağlığı, İngiltere'deki Delta varyantından kaynaklanan 42 ölümün 12'sinin tam aşılı olanlar arasında olduğunu ve Alfa varyantından neredeyse iki kat daha hızlı yayıldığını bildirdi. Ayrıca 11 Haziran'da Kanada, Calgary'deki Foothills Tıp Merkezi, 22 Delta varyantı vakasının yarısının tam olarak aşılanmış kişiler arasında meydana geldiğini bildirdi. Haziran 2021'de, Delta'nın K417N mutasyonuna sahip bir varyantına dair raporlar görünmeye başladı. Beta ve Gama varyantlarında da bulunan mutasyon, aşıların ve antikor tedavilerinin etkinliğinin azalması ve yeniden enfeksiyon riskinin artması olasılığına ilişkin endişeleri artırdı. Public Health England tarafından "Delta with K417N" olarak adlandırılan varyant, "Delta plus" olarak adlandırılmıştır. 22 Haziran'da Hindistan Sağlık ve Aile Refahı Bakanlığı, Hindistan'da 22 vakanın rapor edilmesinden sonra COVID-19'un "Delta plus" varyantını bir Endişe Varyantı ilan etti. Duyurudan sonra, önde gelen virologlar, incelenen hasta sayısının az olduğuna işaret ederek, suşu ayrı bir endişe türü olarak etiketlemeyi desteklemek için yeterli veri olmadığını söylediler.

DSÖ tarafından gözden geçirilen çeşitli ön çalışmalardan elde edilen sınırlı kanıtlar, Oxford-AstraZeneca aşısı ve Pfizer-BioNTech ile Delta hastalığına karşı muhtemelen korunan etkinlik/etkililiği göstermiştir, ancak diğer aşılar için henüz veri yoktur. Aşıların asemptomatik enfeksiyonu önleyerek pandemiyi nasıl sonlandırabileceğiyle ilgili olarak, tek doz Oxford-AstraZeneca (önemli oranda azalma), Pfizer-BioNTech ve Covaxin (orta ila orta düzeyde azalma) ile Delta'ya karşı antikor nötralizasyonunun azaldığını ve bununla ilgili henüz diğer aşılar ile herhangi bir veri bulunmadığını belirtmişlerdir.

Şimdiki Tanı Testleri Koronavirüs Varyantlarını Tespit Etmek İçin Yeterli Mi?

Viral RNA’yı saptamak için kullanılan PCR testlerinde genellikle virüsün birden çok genetik bölgesini hedefleyen primer-problar kullanılmaktadır. Böylece hedeflenen bölgelerden birinde mutasyon oluşsa bile testin çalışması ve doğru sonuç vermesi sağlanmaktadır. Ülkemizde halen rutin tanıda kullanılmakta olan SARS-CoV-2 RT-PCR kitlerinin hedefi, virüsün N ve ORF1ab gen bölgelerinin korunmuş alanlarıdır ve şu ana dek bilinen varyantları saptamada bir sorun bildirilmemiştir. Antijen ve antikor testleri de, incelenen virüs proteininde değişikliğe yol açan mutasyonlardan etkilenebilir. Mutasyonlar sekanslama çalışmaları ile düzenli olarak izlenmeli ve gereğinde tanı testlerinde değişiklikler yapılmalıdır.

Kaynakça:

1. Türk Toraks Derneği, Covid 19 Çalışma Grubu. Görüş Raporu Güncelleme
2. Variants of SARS-CoV-2 - Wikipedia
3. Centers for Disease Control (CDC)
4. World Health Organisation (WHO)